按照完善市與區(qū)縣分稅制財政管理體制的要求，農(nóng)民專業(yè)合作組織、新農(nóng)村宣傳等資金和支出責(zé)任已經(jīng)下劃給區(qū)縣。但是，2009年市財政局仍然安排給區(qū)縣相關(guān)補助資金3065萬元。2009年市財政局將預(yù)撥區(qū)縣2010年殘疾人三項生活困難補助資金1288萬元，列入當(dāng)年支出，影響了當(dāng)年財政收支決算的準確性。
北京市發(fā)改委：
防洪費征收手續(xù)費錯入投資計劃
審計報告提出，市發(fā)展改革委在市政府投資計劃中，安排了防洪費征收手續(xù)費和節(jié)能推廣工作管理經(jīng)費，共計758萬元。這種做法不符合財政預(yù)算管理要求，也不利于合理安排使用市級基本建設(shè)資金。
北京市地稅局：
18件案件欠稅統(tǒng)計不準
審計報告指出，市地稅局部分稅收減免管理信息反映不夠完整，部分區(qū)縣地稅局未嚴格按照規(guī)定設(shè)置、填制減免稅臺賬，使地稅部門不能完全掌握企業(yè)實際享受減免稅情況。個別區(qū)縣地稅局還批準部分不符合條件的納稅人，享受了安置自主擇業(yè)軍隊轉(zhuǎn)業(yè)干部減免稅政策。
稅收計會報表中對部分稅務(wù)檢查案件形成的欠稅，反映不夠準確，有18件檢查案件存在欠稅統(tǒng)計不準確的情況。此外，北京廣廈京都置業(yè)有限公司在經(jīng)過稅務(wù)檢查后，應(yīng)補繳稅款3010萬元。在尚未補繳稅款的情況下，該公司變更了注冊地，市和有關(guān)區(qū)縣地稅局對其欠稅未及時追繳，也未采取相應(yīng)管理措施。
延伸審計22戶房地產(chǎn)企業(yè)，其中18戶企業(yè)存在涉稅問題，共查出應(yīng)繳未繳各項稅款1160萬元。
